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PBMC 免疫通讯图谱:LIANA 真实数据分析
PBMC 免疫通讯图谱:LIANA 真实数据分析
pbmc68k_reduced · 10 类免疫细胞 · consensus 资源 · 抗原呈递主轴
基本信息
| 名称(name) | PBMC 免疫通讯图谱:LIANA 真实数据分析 |
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| 副标题(subtitle) | pbmc68k_reduced · 10 类免疫细胞 · consensus 资源 · 抗原呈递主轴 |
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| 简介(displayDescription) | 拿到一份 PBMC 10 类免疫细胞混合数据(10X v1,scanpy 内置 `pbmc68k_reduced`,FACS 排序真值),想知道这些细胞之间在「喊话」什么——谁是主要信号发送者,谁是接收者,抗原呈递轴怎么工作?本案例用 LIANA 框架(Python 版的 CellChat + NicheNet 综合体)在 omnipath consensus 资源上跑出 1288 个配体-受体互作:覆盖 6 阶段(数据加载 / 互作全景 / sender × receiver 热图 / 出度入度 / MHC-II 通路聚焦 / 配体表达点图)。最直观的发现是树突状细胞 HLA-DR → CD4 T 是这条数据集里最强的抗原呈递轴,出度 Dendritic 31、入度 CD4 Naive 16——这与 FACS 排序中 DC 富集、CD4 T 是其天然配对完全吻合。所有数字与图表来自真实 LIANA 执行,可复现。适合:做组织微环境通讯分析的研究者、想替代 CellChat 用 Python 单栈做 LR 配对分析、想理解「互作图谱怎么从单细胞里来」的初学者。 |
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| 分类(categories) | 数据分析知识与学习 |
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| 标签(tags) | LIANApbmc68kMHC-II细胞通讯consensus |
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| 累计使用人次 | 0 |
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| 质量分(quality_score) | 92 |
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| 版本(version) | 1.0 查看更新记录 ↓ |
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| 产物类型(artifact_type) | html |
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| 引用的专家 | 单细胞转录组分析专家 |
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每日记录
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| 日期 | 累计使用人次 | 日增 |
| 2026-09-23 |
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更新记录
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2026-09-23 08:22
- 简介:拿到一份 PBMC 10 类免疫细胞混合数据(10X v1,scanpy 内置 `pbmc68k_reduced`,FACS 排序真值),想知道这些细胞之间在「喊话」什么——谁是主… → 拿到一份 PBMC 10 类免疫细胞混合数据(10X v1,scanpy 内置 `pbmc68k_reduced`,FACS 排序真值),想知道这些细胞之间在「喊话」什么——谁是主…