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PBMC 免疫通讯图谱:LIANA 真实数据分析

pbmc68k_reduced · 10 类免疫细胞 · consensus 资源 · 抗原呈递主轴

基本信息

名称(name)PBMC 免疫通讯图谱:LIANA 真实数据分析
副标题(subtitle)pbmc68k_reduced · 10 类免疫细胞 · consensus 资源 · 抗原呈递主轴
简介(displayDescription)
拿到一份 PBMC 10 类免疫细胞混合数据(10X v1,scanpy 内置 `pbmc68k_reduced`,FACS 排序真值),想知道这些细胞之间在「喊话」什么——谁是主要信号发送者,谁是接收者,抗原呈递轴怎么工作?本案例用 LIANA 框架(Python 版的 CellChat + NicheNet 综合体)在 omnipath consensus 资源上跑出 1288 个配体-受体互作:覆盖 6 阶段(数据加载 / 互作全景 / sender × receiver 热图 / 出度入度 / MHC-II 通路聚焦 / 配体表达点图)。最直观的发现是树突状细胞 HLA-DR → CD4 T 是这条数据集里最强的抗原呈递轴,出度 Dendritic 31、入度 CD4 Naive 16——这与 FACS 排序中 DC 富集、CD4 T 是其天然配对完全吻合。所有数字与图表来自真实 LIANA 执行,可复现。适合:做组织微环境通讯分析的研究者、想替代 CellChat 用 Python 单栈做 LR 配对分析、想理解「互作图谱怎么从单细胞里来」的初学者。
分类(categories)数据分析知识与学习
标签(tags)LIANApbmc68kMHC-II细胞通讯consensus
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质量分(quality_score)92
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产物类型(artifact_type)html
引用的专家单细胞转录组分析专家

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2026-09-23 08:22
  • 简介拿到一份 PBMC 10 类免疫细胞混合数据(10X v1,scanpy 内置 `pbmc68k_reduced`,FACS 排序真值),想知道这些细胞之间在「喊话」什么——谁是主…拿到一份 PBMC 10 类免疫细胞混合数据(10X v1,scanpy 内置 `pbmc68k_reduced`,FACS 排序真值),想知道这些细胞之间在「喊话」什么——谁是主…

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