Spateo 细胞分割与 3D 重建实战

细胞分割要么 SAW 出 cellbin.gef 直接用，要么只能从 ssDNA / DAPI / HE 自己切——后者网上代码片段散落，wavelet + watershed 调参就够折腾一天，切完还要切片对齐做 3D 重建。这个案例把立体Seq专家内置的 spateo skill 浓缩成一份「拿到 BGI counts + 染色图就能跑」的全流程指南：覆盖环境准备（spateo-release + [3d] extras + h5py/anndata pin）、染色图像细胞分割 9 步（read_bgi_agg → refine_alignment → mask_nuclei → peaks → watershed → stardist → augment → expand → read_bgi）、分割质量检查与互补策略、多切片 Morpho 对齐（group_pca + morpho_align）、TDR 3D 重建（construct_pc → construct_surface → construct_cells → voxelize → save_model）、4 种 VTK 模型（点云/表面/细胞/体素）用途速查、刚体 vs 非刚体选择。4 张代表性示意图全部内嵌，单文件自包含可直接当团队 SOP。适合：要做细胞分割或多切片 3D 重建的算法团队、做组织发育形态学的研究组、需要把染色与 RNA 配准的研究生。